회사 매각(M&A) 시 기업가치 제대로 평가받는 법

성장·투자 · 2026.09.24 · 권지현 세무사

"우리 회사 좀 사겠다는 곳이 있어요. 얼마에 파는 게 맞을까요?" 수십 년간 키워온 회사를 팔아야 할 상황이 오거나 성공적인 엑시트를 준비하는 창업자에게 이 질문은 인생에서 가장 중요한 협상이 됩니다. 몸값을 제대로 받지 못하면 평생의 노력이 헛수고가 되고, 세금을 잘못 계획하면 엑시트 후 손에 남는 돈이 생각보다 훨씬 적을 수 있습니다.

1. 주식양수도 vs 자산양수도, 세금 부담이 다릅니다

주식양수도는 회사의 주식(지분) 자체를 매각하는 방식으로 자산·부채·권리·의무가 모두 포함된 채로 넘어가며, 매도자는 양도소득세(대주주 기준 20~25%)만 부담해 매도자에게 유리합니다. 자산양수도는 개별 자산(기계·건물·특허권 등)과 영업권만 선별해 매각하는 방식으로, 매도자는 법인세 납부 후 배당소득세 또는 청산소득세까지 이중 과세되지만 매수자는 원하는 자산만 선택할 수 있어 리스크를 최소화할 수 있습니다. 실무에서는 매도자가 주식양수도를, 매수자가 자산양수도를 선호해 이 간극을 조율하는 것이 M&A 협상의 핵심입니다.

2. 비상장 주식의 세법상 가치 평가

M&A 협상 가격의 기준이 되는 비상장 주식의 세법상 가치는 상증세법 시행령 제54조에 따라 1주당 가치 = (순자산가치 × 2 + 순손익가치 × 3) ÷ 5로 산출됩니다. 순자산가치는 평가 기준일 현재 순자산(자산-부채)을 발행주식총수로 나눈 값이고, 순손익가치는 최근 3년 가중평균 주당 순이익을 자본환원율(10%)로 나눈 값입니다. 이 세법상 평가액은 협상의 하한선(Floor)이 되며, 실제 M&A 협상 가격은 미래 성장 가능성·기술력·시장 지배력 등을 감안해 더 높게 책정되는 것이 일반적입니다.

매각 전 6~12개월, 이렇게 준비하세요

재무제표 정비(감사 또는 검토 의견 받기), 법적 리스크 정리(계류 중인 소송·인허가 문제·노무 이슈), 가지급금 해소 및 재무 구조 최적화, 공인된 가치 평가 기관을 통한 기업가치 사전 평가를 미리 해두면 협상에서 유리한 위치를 차지할 수 있습니다. 주식 취득가액이 명확히 입증되어야 세금 계산도 유리하므로, 법인 설립 시 자본금 납입 증명서를 보관해두세요.

3. 매각 대금, 받는 방식으로도 세금이 달라집니다

잔금을 2개 연도에 나눠 받으면(예: 올해 50%, 내년 50%) 양도소득세 과세표준이 두 해로 분산되어 세율 구간이 낮아질 수 있습니다. 엑시트 후 수령한 현금을 다시 스타트업에 엔젤 투자하면 소득공제(최대 100%) 혜택을 받을 수 있고(조세특례제한법 제16조), IRP 납입이나 연금 상품 투자로도 세금을 분산할 수 있습니다.

4. M&A 자문사와 세무사, 함께 선임하세요

인수합병 자문사(IB)는 협상 가격을 극대화하고, 세무사는 세후 실수령액을 극대화하는 역할입니다. 자산양수도의 법인세·배당소득세 이중과세를 감안하면 총 세금 부담은 주식양수도가 훨씬 낮지만, 인수자 요구에 따라 혼합 구조도 고려할 수 있어 매각 전 세무사와 반드시 협의해야 합니다.

※ 위 내용은 작성일 기준 일반적인 안내이며, 세법 개정에 따라 내용이 달라질 수 있습니다. 정확한 사항은 개별 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.

MA기업가치평가 주식양수도 비상장주식평가
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