기업부설연구소·전담부서는 인정요건 미달이나 준수사항 위반 등의 사유가 발생하면 인정이 취소될 수 있습니다. 특히 거짓·부정한 방법으로 인정을 받은 경우에는 세액공제 배제와 재신고 제한까지 이어질 수 있어 미리 사유를 파악해 두는 것이 중요합니다.
인정이 취소되는 10가지 사유
「기업부설연구소법」 제8조 제1항에 따라 ①거짓·부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우, ②기업의 취소 요청, ③기업 폐업, ④연구소 폐쇄 확인, ⑤변경신고를 신고사유 발생일부터 1년 이내 미이행, ⑥보완명령을 기간 내 미이행, ⑦준수사항 위반, ⑧연구실 안전환경법 등 다른 법률상 제한으로 연구개발 수행이 불가능해진 경우, ⑨현장조사를 정당한 사유 없이 거부·방해·기피한 경우, ⑩연구소 활동이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우 인정이 취소됩니다. 이 중 ①~③호는 의무적으로 취소해야 하는 사유이고, 나머지는 재량으로 취소할 수 있는 사유입니다.
취소 전 청문 절차
휴·폐업에 따른 취소나 기업 스스로의 요청에 의한 취소를 제외한 법률상 취소 사유에 해당하는 경우에는 청문이 시행됩니다. 취소 및 청문 관련 안내는 신고 시 입력한 본점 소재지와 담당자 연락처로 발송되므로, 정보를 정확히 기재해 두어야 불이익 없이 소명 기회를 받을 수 있습니다.
허위·부정 신고에 따른 제재
거짓 또는 부정한 방법으로 인정받거나 변경신고를 해 인정이 취소된 경우는 취소일로부터 1년간 재설립신고를 할 수 없습니다. 졸업증명서·경력증명서를 조작해 전담요원으로 신고하거나, 2개 기업이 동일한 공간·중복 인력으로 신고하거나, 타 기관의 연구결과물을 도용해 연구실적을 조작하는 경우가 대표적인 허위신고 사례입니다.
R&D 세액공제 배제시점
| 취소 사유 | 세액공제 배제 시점 |
|---|---|
| 거짓·부정한 방법으로 인정받은 경우 | 인정일이 속하는 과세연도 개시일 |
| 인정기준·준수사항 위반 | 인정취소일이 속하는 과세연도 개시일 |
| 기업이 취소를 요청하는 경우 등 | 인정취소일 |
과태료 부과기준
과태료는 위반행위 유형에 따라 3단계로 나뉩니다. 거짓·부정한 방법 관련 위반(허위 자료 제출로 인정을 받은 경우 등)은 최대 500만원, 행정조사 관련 위반(현장조사 거부·방해·기피 등)은 최대 300만원, 사칭·허위 표시 행위(인정받지 않았음에도 인정받은 것처럼 표시)는 최대 200만원 이하로 부과되며, 1차·2차·3차 위반마다 가중됩니다. 다만 2026년 2월 1일부터 2029년 1월 31일까지 3년간 과태료 부과가 유예되고 있습니다.
권지현 세무사의 핵심 요약 팁
소재지 이전 등으로 연구소가 신고한 주소에 없는 경우 직권취소로 이어질 수 있습니다. 변경사항이 발생하면 30일 이내에 신고하고, 현장조사에서 지적된 사항은 기한 내에 조치해야 직권취소 등의 불이익을 피할 수 있습니다.
자주 묻는 질문
연구소가 취소되면 그동안 받은 R&D 세액공제도 반납해야 하나요?
취소 사유에 따라 세액공제 배제시점이 다릅니다. 거짓·부정한 방법으로 인정받은 경우에는 인정일이 속하는 과세연도 개시일부터 소급해 세액공제가 배제되고, 인정기준이나 준수사항 위반으로 취소된 경우에는 인정취소일이 속하는 과세연도 개시일부터 배제됩니다. 기업이 자진취소를 요청한 경우에는 취소일부터 배제됩니다.
과태료는 지금 당장 부과되나요?
아닙니다. 2026년 2월 1일부터 2029년 1월 31일까지 3년간 과태료 부과가 유예되고 있습니다. 다만 유예기간이 끝나면 위반행위 유형별로 최대 500만원까지 과태료가 부과될 수 있으므로 미리 준수사항을 점검해 두는 것이 안전합니다.
※ 위 내용은 작성일 기준 일반적인 안내이며, 관련 법령·제도 개정에 따라 내용이 달라질 수 있습니다. 정확한 사항은 개별 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.