연구·인력개발비 세액공제는 세율이 높아 절세 효과가 크지만, 그만큼 국세청이 세무조사 중점검증항목으로 정밀하게 들여다보는 항목이기도 합니다. 연구원으로 등록되어 있다는 사실만으로는 부족하고, 실제로 연구개발 활동에만 전념했는지가 핵심 판단 기준입니다.
이런 경우가 적발 대상입니다
실제 사례로 보는 추징 논리
한 법인은 생산·품질관리 등 타 업무를 병행하는 연구원의 인건비까지 연구·인력개발비 세액공제 대상에 포함해 계상했습니다. 국세청은 연구일지, 업무 분장표, 내부 결재 문서, 출장 내역 등 관련 자료를 검토한 결과, 연구개발 외 타 업무를 병행한 연구원의 인건비를 세액공제 대상에서 제외하고 법인세를 추징했습니다.
겸직이 확인되면 인건비 '전액'이 공제 대상에서 빠집니다
일부 시간만 다른 업무를 했다고 해서 공제 비율만 낮아지는 것이 아닙니다. 타 업무를 겸직한 사실이 확인되면 그 연구원의 인건비 전액이 세액공제 대상에서 제외될 수 있어 파급 효과가 큽니다.
공제 대상임을 입증할 준비서류
연구원이 연구 업무와 영업/행정 업무를 병행하는데 공제가 가능한가요?
연구·인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 해당 연구원이 연구 업무에만 전념하여야 합니다. 타 업무(홍보, 영업, 행정 등)를 겸직하는 경우 그 연구원의 인건비에 대해 세액공제를 받을 수 없습니다.
겸직 연구원의 경우 인건비 전액에 대해 세액공제를 받을 수 없나요?
네 맞습니다. 타 업무를 병행하는 겸직 연구원에 대해서는 그 연구원의 인건비 전액에 대해 세액공제를 받을 수 없습니다.
정부에서 연구원의 인건비를 보전받는 경우에도 세액공제 대상에 해당하나요?
정부지원사업 등을 통해 연구개발 인력의 인건비를 보전받는 경우 회사가 실제로 부담한 금액은 없으므로 세액공제 대상 인건비에 해당하지 않습니다.
권지현 세무사의 핵심 요약 팁
① 연구원의 업무 분장을 명확히 하고, 타 업무를 겸직시키지 않는 것이 가장 확실한 리스크 관리입니다. ② 연구 계획서·연구 노트·출장 내역 등 연구활동의 흔적을 상시 기록하세요. ③ 관련 법령은 조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제), 동법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)입니다.
※ 위 내용은 작성일 기준 일반적인 안내이며, 세법 개정에 따라 내용이 달라질 수 있습니다. 정확한 사항은 개별 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.