선금·중도금 세금계산서 발행 시기: 공급시기 잘못 맞추면 가산세 뭅니다

세무 기초 · 2026-09-17 ·

수개월이 걸리는 외주 소프트웨어 개발이나 인테리어 시공, 대형 영상 제작 프로젝트를 계약할 때 대부분의 거래처는 대금을 세 번에 나누어 지급합니다.

"계약금 30%, 공정 50% 시점에 중도금 40%, 최종 납품 완료 시점에 잔금 30%를 지급한다."

이때 사장님들을 가장 골치 아프게 만드는 문제가 있습니다. 계약금을 통장으로 받자마자 거래처에서 "계약금 30% 입금했으니 세금계산서 당장 끊어주세요"라고 요구하기 때문입니다.

"아직 일을 시작도 안 했는데 세금계산서를 끊어줘도 국세청에서 문제 삼지 않을까? 반대로 잔금 치르고 프로젝트가 다 끝났을 때 한꺼번에 1장으로 몰아서 끊으면 안 될까?"

단언컨대, 세금계산서는 '공급시기'를 단 며칠만 잘못 맞춰도 '사실과 다른 세금계산서'로 분류되어 공급가액의 1~2%에 달하는 무거운 가산세를 물게 됩니다.

계약금, 중도금, 잔금을 받을 때 세법상 안전하게 세금계산서를 끊는 공식과 '선발행 세금계산서의 특례'를 알기 쉽게 정리해 드립니다.

부가가치세법상 대원칙: "일이 다 끝났을 때 끊는 것"

부가가치세법 제16조가 정한 용역(서비스)의 원칙적인 공급시기는 '역무의 제공이 완료되는 때'입니다.

  • 원칙대로라면 외주 개발이 최종 완료되어 클라이언트의 검수를 통과한 날(잔금 납품일)에 프로젝트 총액 100%에 대해 세금계산서를 발행하는 것이 원칙입니다.
  • 일을 시작도 안 한 계약금 시점에 세금계산서를 끊는 것은 엄밀히 말해 '아직 역무가 제공되지 않은 상태'이므로 세법상 충돌이 발생합니다.

실무의 구세주: '선발행 세금계산서 특례' (부가세법 제17조)

하지만 현실에서는 돈을 주기 전에 세금계산서를 먼저 요구하거나, 계약금을 줄 때마다 증빙을 원하는 거래처가 대다수입니다. 이를 위해 세법은 다음과 같은 엄격한 요건을 갖춘 경우 '선발행 세금계산서'를 100% 적법한 것으로 인정합니다.

[선발행 세금계산서 인정 3대 요건]

1. 대금을 먼저 받고 세금계산서를 끊는 경우 ──▶ 무조건 100% 정상 인정!
2. 세금계산서를 먼저 끊어주고 "7일 이내"에 대금을 입금받는 경우 ──▶ 정상 인정!
3. 계약서에 대금 지급 시기를 명시하고 "30일 이내"에 입금받는 경우 ──▶ 정상 인정!
  • 주의할 점: 세금계산서를 먼저 끊어주었는데 거래처 사정으로 30일이 넘도록 대금이 입금되지 않으면, 그 세금계산서는 '공급시기 위반 가산세 대상'이 됩니다. 따라서 반드시 계약서에 지급 기일을 명시하고 30일 이내에 돈을 받아야 안전합니다.

[실전 가이드] 계약금·중도금·잔금 분할 프로젝트의 정석 발행법

가장 깔끔하고 세무 문제가 없는 발행 프로세스는 '대가의 각 부분을 받기로 한 때'(완성도기준지급 조건)로 계약서를 쓰는 것입니다.

  • 계약서 작성 팁: 계약서 대금 지급 조항에 "계약 체결 시 계약금 지급, 1차 검수 통과 시 중도금 지급, 최종 납품 완료 시 잔금 지급"이라고 단계를 명확히 적습니다.
  • 발행 타이밍:
  • 계약금 입금일 기준 세금계산서 1장 발행
  • 중도금 입금일 기준 세금계산서 1장 발행
  • 최종 납품 및 잔금 입금일 기준 세금계산서 1장 발행
    → 총 3장으로 나누어 발행하면 공급시기 위반 리스크가 0%가 됩니다.

가장 위험한 실수: "끝나고 한 번에 몰아서 끊어주세요"

상반기에 계약금 3,000만 원, 중도금 4,000만 원을 이미 통장으로 받아놓고 "어차피 12월에 끝나니까 12월 말에 1억 원짜리로 한 번에 끊읍시다" 하고 넘기는 경우입니다.

  • 국세청은 은행 계좌에 돈이 들어온 날짜와 세금계산서 발행 날짜의 불일치를 전산으로 추적합니다.
  • 상반기에 들어온 7,000만 원의 매출 신고를 하반기로 미룬 것으로 보아 매출 지연신고 가산세와 부가가치세 과소신고 가산세를 물게 됩니다.

관련 법령 조항

  • 부가가치세법 제16조(용역의 공급시기): 용역이 공급되는 시기는 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 한다.
  • 부가가치세법 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례): 사업자가 공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급하고 그 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 세금계산서를 발급한 때를 공급시기로 본다.

3줄 요약

  1. 계약금·중도금은 대금을 입금받은 날 즉시 세금계산서를 끊어주는 것이 가장 안전하다.
  2. 세금계산서를 먼저 끊어줄 경우 반드시 7일(계약서 명시 시 30일) 이내에 입금되어야 가산세를 피한다.
  3. 돈은 상반기에 받아놓고 연말에 1장으로 몰아서 끊으면 공급시기 위반으로 세무조사 대상이 된다.

※ 위 내용은 작성일 기준 일반적인 안내이며, 세법 개정에 따라 내용이 달라질 수 있습니다. 정확한 사항은 개별 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.

자료실 목록으로

내 상황에 맞는 답이 필요하신가요?

자료실 글로 해결되지 않는 궁금증은 권지현 세무사에게 직접 상담받으세요.

카카오톡 문의 상담 예약
링크가 복사되었습니다