"우린 스타트업이라 낼 세금도 없는데 R&D 공제가 무슨 소용?" — 이월됩니다
연구·인력개발비 세액공제는 당해연도에 다 못 쓰면 10년간 이월됩니다(조특법 제144조). 지금 적자여도 개발 인건비·전담부서 인정을 받아두면, 흑자 전환한 해에 밀린 공제가 한꺼번에 세금을 상쇄합니다. ‘낼 세금이 없어서’ 챙기지 않으면, 정작 세금이 나올 때 쓸 카드가 없습니다.
연구·인력개발비 세액공제 — 공제율 (조특법 제10조)
중소기업 기준. 소득세(사업소득)·법인세에서 직접 차감
| 구분 | 중소기업 공제율 | 비고 |
|---|---|---|
| 일반 연구·인력개발비 | 당기분 25% 또는 증가분 50% 중 유리한 쪽 | 가장 많이 쓰는 유형. 전담부서 없이도 자체 연구개발이면 적용 가능성 |
| 신성장·원천기술 연구개발비 | 30% + 매출비중 가산(최대 10%p) = 최대 40% | 클라우드·빅데이터·차세대 SW 등. 전담부서·연구소 + 사전심사 권장 |
| 국가전략기술 연구개발비 (AI 포함) | 40% + 가산(최대 10%p) = 최대 50% | 인공지능이 국가전략기술로 명시. 요건 엄격, 구분경리 필수 |
조특법 제10조 ① — "소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당) 또는 법인세에서 공제"
법 조문이 명시적으로 사업소득세도 공제 대상으로 규정합니다. 법인 전환 전 개인 개발사업자, 프리랜서라도 사업자등록 + 연구개발 활동이 있으면 종합소득세에서 공제받을 수 있습니다.
무엇이 ‘연구개발비’로 인정되나
단순 SI·운영·유지보수는 아닙니다. ‘새로운 것’을 만드는 활동이어야
인정되는 활동·비용
인정 안 되는 활동
핵심 요건 — 전담조직과 구분경리
신성장·국가전략기술 공제는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(한국산업기술진흥협회 인정)가 없으면 인건비·재료비 자체가 불인정됩니다. 일반 R&D는 완화되지만, 연구원·과제·비용을 다른 업무와 구분경리(조특법 제10조 ④)하고 연구노트·과제계획서·타임시트로 증빙해야 세무조사·사후관리에서 유지됩니다.
얼마나 아끼나 — 계산 예시
개발자 3명 전담부서, 연봉 각 6,000만 원
연구 전담 인건비 1억 8,000만 원 × 일반 R&D 중소기업 공제율 25% = 4,500만 원 세액공제
(신성장기술 인정 시 30%+가산 → 최대 7,200만 원 / AI 국가전략기술 인정 시 40%+가산 → 최대 9,000만 원)
이 금액을 그해 산출세액에서 뺍니다. 최저한세(중소기업 7%)에 걸려 다 못 쓰면 10년간 이월. 겸직 연구원은 연구 참여 비율만큼 안분합니다.
벤처기업 확인을 연계하면 — 세액감면 + 지방세까지
창업벤처중소기업 세액감면 (조특법 제6조)
창업 후 3년 이내에 벤처기업 확인을 받으면, 확인일 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 5년간 해당 사업 소득에 대한 소득세·법인세의 50%를 감면합니다. R&D 세액공제와는 성격이 달라 함께 검토합니다(단, 최저한세·중복지원 배제 규정은 확인).
지방세 감면 — 등록면허세·취득세·재산세
창업벤처중소기업은 지방세특례제한법에 따라 법인 설립·자본 증가 등기의 등록면허세 면제, 사업용 부동산 취득세 감면(창업일부터 4년), 재산세 감면(창업일부터 3년, 이후 2년 경감)을 받을 수 있습니다.
전담부서·연구소가 벤처 확인에도 유리
벤처확인 유형 중 ‘연구개발유형’은 기업부설연구소·연구개발전담부서 보유와 연구개발비 비율을 요건으로 합니다. R&D 공제를 위해 만든 조직이 벤처 확인의 근거가 되어 두 혜택이 맞물립니다.
국세청 사전심사로 리스크를 제거하세요
R&D 세액공제 사전심사 (조특법 제10조 관련, 국세청 운영)
신고 전에 국세청에 ‘이 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지’ 심사를 신청할 수 있습니다. 사전심사 결과대로 신고하면 이후 경정·추징 시 과소신고가산세가 면제됩니다(신고내용 확인 대상에서도 제외). R&D 공제는 사후 부인 리스크가 큰 항목이라, 규모가 커지면 사전심사를 적극 활용하는 것이 안전합니다.
R&D 세액공제에서 자주 하는 5가지 실수
실제 상담 사례
SaaS 스타트업 C (법인, 개발자 5명)
BEFORE: 창업 2년차, 매출 3억·적자. "낼 세금이 없어서" R&D 공제·벤처확인 모두 미진행.
AFTER: 연구개발전담부서 인정 → 개발 인건비 2.4억을 구분경리해 일반 R&D 25% 공제 6,000만 원 산출, 적자라 전액 이월. 3년차 흑자 전환 시 이월공제로 법인세 대부분 상쇄. 동시에 연구개발유형 벤처확인 → 4~5년차 소득세·법인세 50% 감면 라인 확보.
1인 개발사업자 D (개인, AI 모델 개발)
BEFORE: "R&D 공제는 법인만 되는 줄" 알고 종소세를 경비만 반영해 신고.
AFTER: 조특법 제10조 ①이 사업소득세도 공제 대상임을 확인. 연구개발전담부서(1인 사업자도 가능) 인정, 본인 인건비 상당액·연구용 GPU 임차료·데이터셋 구입비를 연구개발비로 구분 → 종합소득세에서 세액공제 적용. 국가전략기술(AI) 사전심사 병행 검토.