연구·인력개발비 세액공제 부인 — 겸직 연구원, 단순 업무, 입증 자료

세금 신고 · 2026.07.30 ·

연구·인력개발비 세액공제는 절세 효과가 큰 만큼 사후검증도 엄격합니다. 핵심은 "연구원이 실제로 연구개발만 했는가"와 "비용이 연구개발 비용인가"입니다.

공제율 (조세특례제한법 제10조)

구분중소기업중견기업그 밖
일반 연구·인력개발비 (총액 방식)25%8%수입금액 비율×1/2 (최대 2%)
일반 (증가분 방식, 선택)증가분의 50%증가분의 40%증가분의 25%
신성장·원천기술 연구개발비30% + 수입금액 비율 가산(최대 10%)20%20%
국가전략기술 연구개발비40% + 가산30%30%

일반 연구·인력개발비는 총액 방식과 증가분 방식 중 선택하고, 신성장·원천기술과 국가전략기술은 해당 비용에만 적용합니다. 2029년 12월 31일까지 발생한 비용에 적용됩니다. 중소기업에서 졸업한 기업의 유예 공제율 구간은 법 조문을 확인하세요.

부인되는 대표 사례

  • 단순 품질검사·단순 개량을 한 연구원의 인건비
  • 일반 행정·생산 등 타 업무를 겸직한 연구원의 인건비
  • 연구개발과 무관한 해외출장이 확인되는 연구원의 인건비
  • 연구개발과 일반 경비를 구분하지 않아 비용 범위가 불분명한 경우

필요한 근거 자료

구분자료
연구 조직기업부설연구소·연구개발전담부서 인정서, 연구원 명단
업무 내용연구일지, 업무분장표, 연구과제 계획서·결과보고서
근무 상태출퇴근·출장 기록, 겸직 여부를 보여 주는 인사 자료
비용연구개발 계정 구분경리, 인건비 배부표, 재료비·위탁연구비 증빙

연구소 인정·신고 절차는 연구·인력개발비 세액공제 가이드와 사전 심사 제도 글에서 확인하세요.

자주 묻는 질문

연구·인력개발비 세액공제율은 얼마인가요?

일반 연구·인력개발비는 중소기업 25%, 중견기업 8%, 그 밖은 수입금액 대비 비율에 따른 최대 2%(또는 증가분 방식 중소 50%·중견 40%·그 밖 25%)입니다. 신성장·원천기술은 중소 30%·그 밖 20%, 국가전략기술은 중소 40%·그 밖 30%에 수입금액 비율 가산이 붙습니다(조세특례제한법 제10조 제1항).

연구원이 다른 업무를 겸하면 어떻게 되나요?

연구개발 외 업무(일반 행정, 생산·품질관리 등)를 겸하는 연구원의 인건비는 대상에서 제외되는 것이 원칙입니다. 연구개발 전담 요건을 입증하지 못하면 해당 인건비 전체가 부인될 수 있습니다.

공제를 받으려면 무엇이 필요한가요?

연구개발비를 구분경리하고(제10조 제4항), 세액공제신청을 해야 하며(제3항), 인정 연구소·전담부서 신고와 연구원 명단, 연구일지, 업무분장표 같은 근거를 갖춰야 합니다.

※ 위 내용은 작성일 기준 일반적인 안내이며, 세법 개정에 따라 내용이 달라질 수 있습니다. 정확한 사항은 개별 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.

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